La investigación básica y el IVA

El Tribunal Supremo (TS), en dos sentencias de fecha 15 de diciembre de 2023 (ECLI:ES:TS:2023:5700 y ECLI:ES.TS:2023:5733), se pronuncia en casación sobre si, dentro de los proyectos de investigación básica, es admisible o no entender que hay una parte de la actividad que no está sujeta al Impuesto sobre el Valor Añadido (IVA).

Se trata de dos sentencias muy relevantes para el sector universitario y para todos aquellos centros y entidades que realicen actividades de investigación básica y aplicada, pues afectan a su régimen de deducción a efectos del IVA.

Tradicionalmente, cuando en una inspección tributaria se revisa el régimen aplicado de deducción en la actividad investigadora, se diferencia entre la básica y la aplicada, limitándose el derecho a la deducción de las cuotas de IVA soportadas de la primera.

Cabe recordar que la controversia sobre este asunto entre la Administración Tributaria y las universidades y centros de investigación viene de muy lejos. En 2016 parecía que la doctrina jurisprudencial del Alto Tribunal zanjaba la cuestión (puede verse en las STS de 16 de febrero (recurso de casación núm. 1615/2014, ECLI:ES:TS:2016:481), 8 de marzo (recurso de casación núm. 876/2014, ECLI:ES:TS:2016:1016) y 4 de julio de 2016 (recurso de casación núm. 1795/2015, ECLI:ES:TS:2016:3337), entre otras). En estas sentencias el TS no compartía el criterio de la Administración de que la investigación básica estaba vinculada automáticamente a la actividad docente de las universidades (actividad exenta de IVA y, en consecuencia, no es deducible el IVA soportado en la misma). Sin embargo, el cambio de estrategia de la Administración tributaria para regularizar el IVA de todas estas entidades ha provocado que el TS haya tenido que volver a pronunciarse sobre esta cuestión.

Como consecuencia de dicho cambio, en los últimos años lo que ha tenido que probar una universidad o un centro de investigación frente a la inspección es que realiza una investigación básica con el ánimo de explotar empresarialmente los resultados obtenidos mediante la misma, y que, por tanto, dicha investigación se puede calificar como actividad empresarial a efectos del IVA. Si la entidad no ha podido probarlo, la inspección ha negado el derecho a la deducción del IVA soportado para realizarla.

Esta postura de la inspección está basada en resoluciones del Tribunal Económico-Administrativo Central (TEAC) y en consultas de la Dirección General de Tributos (DGT). En una de las consultas más recientes (V1489-21) sobre actividades de investigación, subvencionadas o no con fondos públicos, y en las que no concurría la intención de explotar empresarialmente los resultados obtenidos, la DGT consideraba lo siguiente:  

“(…) se debe concluir que la actividad de investigación, cuando en ella no concurre el ánimo de explotar empresarialmente los resultados obtenidos de la misma, no puede calificarse de actividad empresarial a los efectos del Impuesto sobre el Valor Añadido, en la medida en que en el desarrollo de la misma no se realizan operaciones a título oneroso o que puedan estar relacionadas de manera directa y específica con el resto de transacciones sujetas al tributo efectuadas por ella. Antes bien, nos encontramos ante una actividad que se ubica al margen de lo que cabe entender como actuación empresarial o profesional a los efectos del impuesto (…)”.

Por lo tanto, para la Administración Tributaria y para el TEAC las actividades de investigación obedecen a un régimen dual, al encontrarse parte de ellas sujeta al IVA y otra parte no (aquella investigación básica donde no se pretenda explotar empresarialmente el resultado futuro), con la consecuencia de que la deducción del IVA soportado debería efectuarse de la siguiente manera:

• Deducción íntegra del IVA soportado por la adquisición de bienes y servicios exclusivamente aplicados a las actividades sujetas. A modo ejemplificativo, sería el caso de la investigación aplicada.
• No deducción del IVA soportado por la adquisición de bienes y servicios exclusivamente aplicados a las actividades no sujetas. Sería el caso de la investigación básica que se realice sin el ánimo de explotar empresarialmente los eventuales resultados o patentes que se obtengan.
• Cuando la entidad realiza al mismo tiempo actividades de enseñanza e investigación, estando ante dos sectores diferenciados de actividad a efectos del IVA, el TEAC considera que, por la vía de los gastos generales, al IVA soportado de la actividad de investigación básica se debería aplicar la regla de prorrata. 

Así las cosas, en la Sentencia de 15 de diciembre de 2023, con recurso núm. 4384/2022 (ECLI:ES:TS:2023:5700), siendo la parte recurrida la Universidad Carlos III de Madrid, el TS analiza si, a efectos del derecho a deducción de las cuotas del IVA soportadas por adquisiciones de bienes y servicios afectos a la actividad de investigación básica realizada por una universidad, puede haber dualidad (actividad empresarial y no empresarial) en dicha clase de investigación.

En la primera parte de la Sentencia, el Alto Tribunal se muestra muy crítico con las siguientes posturas del TEAC:

• Si bien el TEAC considera que la cuestión con interés casacional que se analiza en la citada Sentencia ya estaba latente en la jurisprudencia del TS, este último considera que se ha hecho una lectura interesada y artificial de sus sentencias de 2016 para tratar de justificar el planteamiento de la cuestión casacional.
• Respecto a plantear la deducción del IVA soportado en la investigación básica por la vía de la prorrata general, el proceder del TEAC carece de coherencia con el sistema del impuesto y no respeta ni la Directiva 2006/112/CE ni la jurisprudencia del Tribunal de Justicia de la Unión Europea.
  
  Para aplicar la prorrata general es necesario que se relace una actividad sujeta y no exenta, con derecho a deducción, y otra sin tal derecho por estar exenta del IVA. Lo que no cabe es aplicar la regla de prorrata cuando estemos ante dos actividades en las que no se produzca el derecho a deducción, en este caso la enseñanza, sujeta pero exenta, y algunos proyectos de investigación básica, no sujeta al IVA, sin derecho a deducción. Esta fórmula, en las palabras del TS, “desquicia el sistema”.

En la segunda parte, donde el TS entra sobre la cuestión de interés casacional, el Alto Tribunal concluye con valor de doctrina jurisprudencial que, a efectos del IVA y del derecho a la deducción, distinguir entre investigación básica y aplicada es artificial.

La investigación básica es esencial para avanzar en el conocimiento y abre nuevas vías a la investigación aplicada, aunque no suponga en la mayoría de los casos un retorno inmediato de ingresos. Esta clase de investigación es una actividad económica a efectos del IVA, no siendo admisible hacer distinciones ni limitar el derecho a la deducción de la misma. Sin los conocimientos teóricos y básicos la investigación aplicada no podría desarrollarse y, por tanto, el TS establece como doctrina: “el derecho a la deducción de las cuotas del IVA soportadas por adquisiciones de bienes y servicios afectos a la actividad de investigación básica realizada por una Universidad, aún cuando los proyectos de investigación básica de forma inmediata y directa no conlleve contraprestación, pues han de entenderse que son necesarios para sus operaciones gravadas, en tanto supone un beneficio económico que favorece su actividad investigadora general, sujeta y no exenta”.

Tal y como hemos comentado al principio de este post, el TS ha dictado una segunda Sentencia (recurso de casación núm. 4235/2022 – Universidad de la Coruña, ECLI:ES.TS:2023:5733), siendo la fecha y el ponente el mismo. Sin embargo, y a pesar de que rechaza el recurso interpuesto por la Administración General del Estado, el TS declara que no hay lugar al de recurso de casación, siendo por tanto relevante a efectos de doctrina la Sentencia comentada previamente.

La doctrina jurisprudencial del Alto Tribunal abre una importante vía de defensa para todas aquellas universidades y centros de investigación que estén siendo objeto de inspección o que hayan visto ya regularizada su situación tributaria.